Hand in Hand er organiseret som en almennyttig forening med en tydelig ansvarsfordeling mellem bestyrelse, ledelse og frivillige. Bestyrelsen sætter den overordnede retning, prioriterer indsatsområder og følger op på, at arbejdet sker ansvarligt og i tråd med organisationens formål. Den daglige ledelse omsætter retningen til konkrete aktiviteter og koordinerer samarbejdet med medarbejdere og frivillige.
Organisationen arbejder tæt på lokalsamfundene og lægger vægt på enkel drift, gennemsigtige beslutninger og løbende dialog med medlemmer og samarbejdspartnere. På den måde sikrer Hand in Hand, at ressourcerne bruges effektivt, og at indsatserne skaber reel og varig værdi for dem, der har brug for støtte.